水槽の水をきれいに保つために、フィルターは最も重要です。汚れた水をどんどん吸い込んで、ろ過材で汚れを除去してから、水を水槽に戻します。そのため、時間がたったろ過材は汚れが溜まり、そこが細菌や寄生虫の卵などの温床になってしまいます。そんなろ過材を通過した水は、見た目にはきれいになっていますが、水質としては良くありません。
　最も一般的なのが上部フィルターで、ろ過面積は水槽の底面積の３０％ほどあり、十分なろ過能力があります。ろ過材の汚れは、上部から確認がしやすく、掃除、交換も簡単です。ろ過材は一般的にはシート状のマットですが、活性炭が組み込まれたものや、ガラス製やセラミック製の、ろ過材なども使用できます。
　底面フィルターは手間がかかりますが、ろ過面積が広く取れます。底面フィルターは、水槽の底面に排水口の付いたパネルをしいて、その上にろ過材の底面マットをしき、さらにその上に底材をしきつめます。エアポンプにホースでつなぎ、底面から底材、ろ過材を通過した水が排水口から排出されるしくみで、完全に水槽内だけで、ろ過作業が完結されます。
　底面フィルターの短所としては、ろ過材の交換は大掃除になるということです。底面に設置されているため、水槽内の魚や水草はもとより、底面フィルターのマットを取り出すときには、汚れが舞い上がるので、水槽内の水も全て交換しなければなりません。

　ろ過材を掃除するときには、ろ過材の中に発生しているバクテリアを大切にします。バクテリアは水中のゴミ（えさの残りや糞尿など）などを分解してくれる大切な存在です。ろ過材のほか、底材の中にも生息しています。そのため、大掃除のとき以外は、ろ過材を交換したら、バクテリアがろ過材の中に繁殖するまで底材はしばらくそのままにします。また、水の交換をしたら、ろ過材をしばらくそのままにします。バクテリアを大切にしながら掃除や交換を考えましょう。
　また、掃除などをする場合、感電防止のため、各器具の電源プラグは必ず抜いておきましょう。